O Ministério da Fazenda tem a sua origem nas vedorias da Fazenda criadas no século XIV para gerirem os assuntos financeiros do Estado. A partir 1584, as vedorias são substituídas pelo Conselho do Tribunal da Fazenda. Em 1761, é criado o Erário Régio que se transforma no departamento central de finanças do Estado, sendo extinto o Conselho da Fazenda.
Em 1788, é criada a moderna Secretaria de Estado dos Negócios da Fazenda que, a partir de 1849, passa a designar-se Ministério dos Negócios da Fazenda ou simplesmente Ministério da Fazenda.
Em 1910, o departamento muda a sua denominação para Ministério das Finanças, designação que tem mantido até à actuaolidade, com ligeiras alterações: Ministério das Finanças e da Coordenação Económica (1974), Ministério da Coordenação Económica (também em 1974), Ministério das Finanças e do Plano (1980-1983) ou Ministério das Finanças e Administração Pública (2002-2011).